Der amerikanische Bürgerkrieg: Jonah Hex reitet unter der Flagge der Konföderierten. Als er von seinem Vorgesetzten Quentin Turnbull zu einem Massaker an Zivilisten gezwungen wird und sich widersetzt, wird Hex im Gesicht gebrandmarkt und schwer verletzt zurückgelassen. Doch er wird vor dem sicher geglaubten Tode bewahrt: Ureinwohner finden und holen ihn von der Schwelle zum Reich der Toten zurück. Und nicht nur das: Jonah Hex verdankt den mystischen Kräften, die ihn retteten, die Fähigkeit, mit den Toten zu kommunizieren, indem er sie für kurze Zeit wiederbelebt.
Zum Kopfgeldjäger umgesattelt schwört Jonah Hex Turnbull Rache. Dieser hat hingegen ganz eigene Pläne: Mit einer Massenvernichtungswaffe, ersonnen vom Erfinder Eli Whitney, will er am 04. Juli ein gigantisches Attentat verüben.